隨著國務院在北京市大興區等33個縣（市、區）進行農村集體經營性建設用地入市試點的啟動，集體經營性建設用地入市開始進入實質性試驗階段。而如何解決一些關鍵性問題，不僅直接關系到農村集體經營性建設用地能否順利入市，更直接影響到我國農村土地制度改革進程的推進。
問題一：范圍太窄，難以打開局面
按現行政策，農村經營性建設用地主要指鄉村（鎮）企業等具有生產經營性質的用地。，現實中，這部分用地面積占農村建設用地的比例很小，且多集中分布于東南沿海發達地區的農村，廣大內陸地區該類用地面積比較少，其入市流轉是否能夠為城鄉統一建設用地市場構建打開局面值得思考。
問題二：是以規劃用途還是現狀用途入市？
根據十八屆三中全會決議和國土資源部相關文件要求，集體經營性建設用地入市，必須要在符合土地用途管制和土地利用總體規劃的前提下才能進行，卻沒有具體規定集體經營性建設用地是以現狀用途還是規劃用途入市。這個問題直接關系到土地交易雙方的出價，直接影響到集體建設用地用途轉變后增值收益的分配，直接關系到農村經營性建設用地交易是否能夠順利展開，需要慎重對待。
問題三：城市規劃圈內與圈外的土地交易收入差距較大
由于我國特有的規劃體系，城鎮規劃范圍內每一地塊的未來用途都有細致、明確的劃分，因此，處于城市規劃圈內的農村經營性建設用地，土地增值潛力大，這些集體土地易于交易、交易價值大，且農戶的期待值較高。而位于城市規劃圈外的土地，其規劃用途不夠明確，且區位相對較差，以至于交易困難，交易收入難以提高。所以，如何解決圈內與圈外集體經營性建設用地入市交易的差距值得思考。
問題四：和誰交易？
集體經營性建設用地流轉的對象目前沒有明確規定，在實施中存在以下兩種可能：一是只能入市交易給政府，集體建設用地使用權人與政府進行討價還價，最終實現土地價值；二是建設用地使用權人可以自由選擇交易對象，既能與政府交易，也能與其他主體進行交易。若是其交易對象限于政府，那么表面上看是允許農村土地自由交易，實則是形成了新的政府壟斷，政府依然處于交易的強勢地位，農戶的權益依然無法得到保障。
問題五：增值收益的如何分配？
集體經營性建設用地入市后，政府獲得大部分土地增值收益的征地模式已不現實，但若是將土地流轉收益全部留給農村集體或農戶個人，也缺乏合理性。所以，如何實現集體經營性建設用地入市后增值收益在農戶、集體、政府之間公平、合理分配就顯得尤為重要。政府是通過土地交易額的分成直接參與收益分配，還是通過稅收等手段間接參與分配？多方主體參與增值收益分配比例又當如何劃分？這些問題都是亟需回答的問題。
問題六：入市交易平臺選擇
選擇不同的平臺類型具有不同的優缺點。一種方案是建立以政府為背景的交易平臺，諸如許多地方已有的農村產權交易平臺、承包地交易平臺等，這些平臺具有搭建成本低、政府信譽高等優點，但存在辦事效率低、缺乏監督等不足。另一種方案是建立引入社會資本的第三方交易平臺。這類平臺可以給予農村集體建設用地供應主體更平等的交易地位，更方便、靈活的交易機制，但也存在著信譽擔保風險。
